ساخت پایگاه داده از قطعات پپتیدی: دیدگاهی جدید برای طراحی پروتئین های نوترکیب

thesis
abstract

پروتئین ها یکی از اجزا اصلی سلول هستند که معمولا از چندین دمین تشکیل شده اند. این دمین ها بلوک-های ساختمانی مناسبی می باشند که در طراحی و ساخت پروتئین های چند عملکردی جدید استفاده می-شوند. برای طراحی این پروتئین های نوترکیب یا کایمریک، می توان چندین دمین عملکردی را توسط توالی های لینکر الیگوپپتیدی به یکدیگر متصل کرد. در صورتی که دمین ها با هم ارتباط فیزیکی نداشته باشند، انتخاب قطعه ای به عنوان لینکر آسان تر است. با توجه به مسئله، این قطعه می تواند یک لینکر با انعطاف پذیری بالا و یا لینکری غیرقابل انعطاف باشد. میزان انعطاف پذیری لینکر، حرکت دمین ها نسبت به هم را تنظیم می کند. اگر دمین ها در فضا با یکدیگر اتصال فیزیکی داشته باشند، طراحی لینکری که در آن علاوه براتصال، جهت گیری فضایی دمین ها نیز حفظ شود، دشوارتر است. این لینکر می تواند با توجه به توالی اسیدآمینه ای، فاصله ی دو انتها و نیز جهت گیری دمین ها در فضا نسبت به همدیگر، لینکری اختصاصی باشد. برای تسهیل در طراحی پروتئین های نوترکیب، پایگاه داده ای از قطعات پپتیدی تهیه شد. این پایگاه داده افزون بر 120 میلیون قطعه پپتیدی با طول های متفاوت را شامل می شود که از نزدیک به 14000 ساختار پروتئینی موجود در پایگاه اطلاعاتی پروتئین ها استخراج شده است. این قطعات براساس خصوصیاتی همچون ساختار دوم، محتوای اسیدآمینه ای، طول توالی، سطح در دسترس و فاصله ی بین انتهای آمینی و انتهای کربوکسیلی طبقه بندی شده اند. برای دسترسی به این پایگاه داده نرم افزاری تحت وب به نام لیندا طراحی و ساخته شد. لیندا براساس خصوصیات قطعه ی پپتیدی مورد نظر کاربر، درون این پایگاه داده جست وجو کرده و مناسب ترین توالی های پپتیدی را پیشنهاد می دهد. این نرم افزار از طریق آدرس software/linda /bioinf.modares.ac.ir برای عموم قابل دسترسی است.

First 15 pages

Signup for downloading 15 first pages

Already have an account?login

similar resources

بررسی پایگاه های توالی آلرژن ها و تعیین پایگاه داده مناسب برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب

  براساس اعلام سازمان جهانی آلرژی؛ حدود یک سوم جمعیت جهان متاثر از آلرژی‌اند. مطابق با ضوابط سازمان جهانی سلامت ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب ضروری است. ارزیابی آلرژنیسیته با پیشرفت‌های بدست آمده در آنالیزهای بیوانفورماتیکی و تعیین ساختار سه بعدی آلرژن‌ها تسهیل شده است. آنالیز بیوانفورماتیکی مرحله مقدماتی در ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب است که نتایج آن در سنگینی مستندات و قضا...

full text

ساخت پایگاه داده ای

برای پردازش اطلاعات کارتوگرافی، لازم است ساختار توپولوژیکی داده ­ها مشخص گردد تا پایگاه داده­ ها هوشمند و برای تجزیه و تحلیل و جابه جایی مهیا شود. پس از جمع ­آوری داده ­های گوناگون باید یک پایگاه داده­ای با ساختار توپولوژیکی و سازگار هندسی ایجاد گردد. این عمل، با تبدیل انواع داده ­ها و انطباق در یک مقیاس و انتخاب یک سیستم تصویر یا سیستم مختصات شبکه­ ای آغاز می­ شود. اما در نقشه کامپیوتری راستری...

full text

طراحی و ساخت یک سازه ژنی نوترکیب بیان کننده پروتئین p24 ویروس لکوز گاوی در اشرشیاکلی

لکوز انزئوتیک گاوی(EBL) یک بیماری رتروویروسی است که بوسیله ویروس لکوز گاوی (BLV) ایجاد و عموماً در دامداری‏های صنعتی مشاهده می‏شود. این بیماری موجب کاهش توان تولید و بروز خسارت‏‏های اقتصادی قابل توجه در گله می‏شود. کنترل عفونت‏های ناشی از BLV با انجام آزمایش‏های سرولوژی، شناسایی و جداسازی یا حذف حیوانات سرم مثبت انجام می‏گردد. در این مطالعه، ژن پروتئین p24 از BLV پس از تکثیر توسط PCR، به پلاسمید...

full text

طراحی اولین پایگاه داده کلمات دستنویس کردی برای سیستم های تشخیص تصویری کلمات

چکیده: یکی از اجزای زیربنایی سیستم های تشخیص تصویری کلمات پایگاه داده هاست. هر سیستمی که در این زمینه طراحی گردد لاجرم می بایست از یک نوع پایگاه داده ها استفاده کند. بدیهی است چون موضوع مورد مطالعه در این سیستم ها شکل نوشتاری زبان های مختلف میباشد پس برای هر زبان مشخص پایگاه داده بخصوصی لازم است. زبانی که این مقاله بر آن متمرکز شده کردی است و در این مقاله مراحل مختلف چگونگی طراحی اولین پایگاه...

full text

طراحی مهارکننده‌های جدید پپتیدی با گروههای عاملی بر پایه بنزن برای پروتئاز ویروس HTLV-1 با روشهای محاسباتی

زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروس‌ها می‌باشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماری‌هایی نظیر لوسمی T-Cell بزرگسالان (ATL )، HAM/TSP و ... می‌گردد . یکی از پروتئین‌های مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری می‌باشد .مهارکننده‌هایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شده‌اند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان نداده‌اند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کننده‌ها ایجاد و با است...

full text

چرا دانش مخاطرات (دیدگاهی جدید برای درک مخاطرات)؟

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023